Im Jahre 1687 befahl der Große Kurfürst Friedrich Wilhelm I. nach dreijähriger Planung zur Stärkung der Befestigungsanlage in Wesel den Bau einer Zitadelle. Zunächst leitete der für die Planung verantwortliche Generalquartiermeister Charles du Puy de l'Espinasse die Bauarbeiten an der Festung Wesel. Nach seiner Absetzung 1692 übernahm der Ingenieur Johann de Corbin die Bauleitung. Seine Pläne zur Umgestaltung der Festungsanlagen beruhten auf den Vorstellungen der berühmten Festungsbauer Menno van Coehorn und Sebastian le Prêtre de Vauban.
Die Zitadelle sollte im Süden der Stadt errichtet werden. Corbin entwickelte mehrere Lösungen zum Bau einer Zitadelle mit Anbindung an die Stadtbefestigung. Das Ergebnis seiner Planungen war eine Zitadelle, die mit fünf Bastionen und fünf Ravelins ausgestattet war. Die Zitadelle war im Osten und Westen durch stumpfe Bastionen an den Festungsgürtel der Stadt angeschlossen.
1711 übernahm für den in Ungnade gefallenen Corbin Jean de Bodt die Aufsicht über die Bauarbeiten. Von ihm stammt das 1718 errichtete Haupttor in der Zitadelle. Als de Bodt 1728 Wesel verließ, war der Ausbau der Festung faktisch beendet. Die Festung war die größte ihrer Art im Rheinland.
In der Zeit französischer Besatzung von 1805-1814 entwickelten die Franzosen eine rege Bautätigkeit in und an den Festungsanlagen der Stadt und der Zitadelle. So errichteten sie in der Zitadelle ein dreiflügeliges, nicht unterkellertes Ziegelsteingebäude, das noch heute Bestand hat und durch welches nach 1930 die Schillstraße geführt wurde. Die getrennten Bauteile heißen Baeckerey und Kaserne VIII.
In den Jahren 1919 bis 1920 wurden als Bestimmung des Versailler Vertrages die noch bestehenden Festungswerke gesprengt. Die Gebäude innerhalb der Zitadelle durften ebenso wie das Haupttorgebäude nebst Hauptkurtine, Brisürenkasematte und Offiziersgefängnis als Baudenkmal erhalten bleiben. Die genannten Bauten überstanden den Zweiten Weltkrieg zum Teil schwer beschädigt, wurden wiederhergestellt und sind heute bis auf das Offiziersgefängnis mit Kultureinrichtungen belegt. Das heutige "Kulturzentrum Zitadelle" beherbergt das Preußen-Museum NRW, das Städtische Museum Abteilung Schillkasematte, das Stadtarchiv mit Restaurierungswerkstatt sowie die Musik- und Kunstschule.
1982 wurde die Zitadelle in der Liste der eingetragenen Denkmäler aufgenommen.